การดำเนินโครงการศึกษาความเหมาะสมทางด้านวิศวกรรม เศรษฐกิจ การเงิน และผลกระทบสิ่งแวดล้อม โครงการทางเชื่อมต่อท่าเรือกรุงเทพและทางพิเศษสายบางนา-อาจณรงค์ (S1) ได้แบ่งงานออกเป็น 3 ส่วน โดยที่ปรึกษาจะต้องดำเนินงานดังต่อไปนี้
งานส่วนที่ 1 : งานศึกษาความเหมาะสมทางด้านวิศวกรรม เศรษฐกิจ การเงิน และผลกระทบสิ่งแวดล้อม โครงการทางเชื่อมต่อท่าเรือกรุงเทพและทางพิเศษสายบางนา-อาจณรงค์ (S1)
งานส่วนที่ 2 : งานศึกษาผลกระทบด้านการจราจร (Traffic Impact Assessment) บริเวณโดยรอบพื้นที่ท่าเรือกรุงเทพ เพื่อแก้ไขปัญหาการจราจรบนโครงข่ายถนนในพื้นที่โดยรอบ รวมทั้งเสนอแนะแนวทางและมาตรการในการแก้ไขปัญหาการจราจรดังกล่าวทั้งในระยะสั้นและระยะยาว
งานส่วนที่ 3 : งานประชาสัมพันธ์โครงการและการมีส่วนร่วมของประชาชน